Journal of Genetics and Genomics 2020年度优秀编委奖（2020）
英国皇家学会—牛顿高级访问学者（剑桥大学）（2019-2022）
遗传与发育协同创新中心2019年度“十大科技进展”（2020）
2019年度中国生物信息学十大进展（2020）
2019年度中国生物信息学十大数据库（2020）
入选科技部中青年科技创新领军人才（2018）
中科院院长奖（导师）（2018）
教育部自然科学一等奖（第5完成人）（2018）
入选上海市优秀学术带头人计划（2016）
入选“中国科学院特聘研究员” --特聘核心骨干（2015）
中国科学院青年创新促进会（首届）“优秀会员”（2015）
国家杰出青年科学基金 （2015）
国家自然科学二等奖（第2完成人）（2015）
中国科学院上海分院“青年五四奖章”（2015）
上海市遗传学会杰出贡献奖（2015）
中国科学院青年创新促进会2012-2013年度“优秀会员”（2013）
中科院青年科学家奖（2012）
中科院上海生科院-美国礼来公司优秀毕业论文导师奖（2012）
中科院上海分院第三届杰出青年科技人才奖（2012）
教育部自然科学奖（一等）（第2完成人）（2012）
上海市科技启明星（2011）
全国百篇优秀博士学位论文（2011）
入选首届中国科学院青年创新促进会（2011）
复旦大学优秀博士学位论文（2010）
上海市优秀博士学位论文（2009）
法国赛诺菲-安万特-上海生科院青年人才奖（2009）
日本明治乳业生命科学奖（2009）
中国科学院卢嘉锡青年人才奖（2009）
Xixian Ma#, Wenjun Yang#, Yang Gao, Yuwen Pan, Yan Lu, Hao Chen, Dongsheng Lu, Shuhua Xu*. Genetic origins and sex-biased admixture of the Huis. Molecular Biology and Evolution. 2021. Doi:10.1093/molbev/msab158.
Lan-Tao Gou, Yang Gao, Jun-Yan Kang, Xin Wang, Hao Chen, Min-Min Hua, Zheng Li, Dangsheng Li, Xiang-Dong Fu, Hui-Juan Shi*, Shuhua Xu* and Mo-Fang Liu*. Reply to Lack of evidence for a role of PIWIL1 variants in human male infertility. Cell. 2020. 184(8):1943-1944.
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Yang Gao#, Chao Zhang#, Liyun Yuan#, YunChao Ling, Xiaoji Wang, Chang Liu, Yuwen Pan, Xiaoxi Zhang, Xixian Ma, Yuchen Wang, Yan Lu, Kai Yuan, Wei Ye, Jiaqiang Qian, Huidan Chang, Ruifang Cao, Xiao Yang, Ling Ma, Yuanhu Ju, Long Dai, Yuanyuan Tang, The Han100K Initiative, Guoqing Zhang, Shuhua Xu*. PGG.Han: The Han Chinese Genome Database and Analysis Platform. Nucleic Acids Research. 2020, 48(D1):D971-D976.
Journal of Genetics and Genomics 2020年度优秀编委奖（2020）
英国皇家学会—牛顿高级访问学者（剑桥大学）（2019-2022）
遗传与发育协同创新中心2019年度“十大科技进展”（2020）
2019年度中国生物信息学十大进展（2020）
2019年度中国生物信息学十大数据库（2020）
入选科技部中青年科技创新领军人才（2018）
中科院院长奖（导师）（2018）
教育部自然科学一等奖（第5完成人）（2018）
入选上海市优秀学术带头人计划（2016）
入选“中国科学院特聘研究员” --特聘核心骨干（2015）
中国科学院青年创新促进会（首届）“优秀会员”（2015）
国家杰出青年科学基金 （2015）
国家自然科学二等奖（第2完成人）（2015）
中国科学院上海分院“青年五四奖章”（2015）
上海市遗传学会杰出贡献奖（2015）
中国科学院青年创新促进会2012-2013年度“优秀会员”（2013）
中科院青年科学家奖（2012）
中科院上海生科院-美国礼来公司优秀毕业论文导师奖（2012）
中科院上海分院第三届杰出青年科技人才奖（2012）
教育部自然科学奖（一等）（第2完成人）（2012）
上海市科技启明星（2011）
全国百篇优秀博士学位论文（2011）
入选首届中国科学院青年创新促进会（2011）
复旦大学优秀博士学位论文（2010）
上海市优秀博士学位论文（2009）
法国赛诺菲-安万特-上海生科院青年人才奖（2009）
日本明治乳业生命科学奖（2009）
中国科学院卢嘉锡青年人才奖（2009）
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